A、目前关于基因工程的安全性存在很大的争议，A正确；
B、现阶段转基因技术能按照人们的意愿，定向改变生物遗传性状，B错误；
C、基因工程的运载体有质粒．噬菌体和动植物病毒等，C正确；
D、基因工程可以突破生殖隔离，实现不同物种之间的基因交流，D正确．
故选：B．
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