A、水螅属于真核生物,其有氧呼吸的场所主要是线粒体,A错误;
B、变形虫属于真核生物,具有线粒体,线粒体是其进行有氧呼吸的主要场所,B错误;
C、蛔虫寄生在小肠内,只能进行无氧呼吸,其呼吸作用只发生在细胞质基质中,C正确;
D、水稻属于真核生物,其有氧呼吸的场所主要是线粒体,D错误.
故选:C.
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