A、蓝藻细胞与肺炎双球菌细胞都有细胞壁，A错误；B、所有细胞都含有细胞膜，B错误；C、蓝藻细胞与肺炎双球菌细胞都属于原核细胞，两者均没有核膜，C错误；D、蓝藻含有叶绿素和藻蓝素，能进行光合作用，属于自养生物，而肺炎双球菌属于异养生物，D正确．故选：D．
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