由题意可知,长翅与长翅果蝇杂交的后代中出现截翅果蝇,说明截翅是隐性性状,长翅是显性性状。A、根据截翅为无中生有可知,截翅为隐性性状,长翅为显性性状,A不符合题意;B、根据杂交的后代发生性状分离可知,亲本雌蝇一定为杂合子,B不符合题意;C、无论控制翅形的基因位于X染色体上还是常染色体上,后代中均会出现长翅:截翅=3:1的分离比,C符合题意;D、根据后代中长翅:截翅=3:1可知,控制翅形的基因符合基因的分离定律,故可推测该等位基因在雌蝇体细胞中是成对存在的,D不符合题意。故选C。
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