A、一个萝卜和一段藕,胡萝卜属于根是营养器官,藕是茎也是营养器官,A不符合题意;
B、叶和花都是器官,一朵菊花是许多花的组合,是一个花序,B不符合题意;
C、苹果表皮是由一群形态相似,结构、功能相同的表皮细胞联合在一起形成的,有保护作用,属于保护组织.番茄的果肉属于营养组织,C符合题意;
D、一粒菜豆种子和玉米(果实)属于植物的六大器官之一.D不符合题意.
故选:C.
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