由于不同种类的原生动物对环境条件的要求不同，对环境变化的敏感程度不同，所以由原生动物种群的生长情况来判断生物处理运作情况及污水净化效果，如可以根据原生动物形态变化，判断进水水质变化及运行中的问题。纤毛虫在环境适宜时，用裂殖方式进行繁殖；当食物不足，或溶解氧、温度、pH值不适宜等情况时，就会变为接合繁殖，甚至形成孢囊以保卫其身体。
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