萘醌类分为α (1，4）、β（1，2）及 amphi（2，6）三种类型。天然存在的大多为α-萘服类衍生物，它们多为橙色或橙红色结晶，少数呈紫色。如紫草及软紫草中分得的一系列紫草素及异紫草素衍生物都为α-萘醌类衍生物。
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