氟尿嘧啶在体内经活化生成5-氟尿嘧啶脱氧核苷酸后，可抑制胸苷酸合成酶，使脱氧胸苷酸缺乏，DNA复制障碍。本品也可代谢成为5-氟尿嘧啶核苷，作为伪代谢物形式掺入到RNA中，影响RNA功能和蛋白质合成。氟尿嘧啶主要作用于S期，但对其他期的细胞亦有作用。
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