脱氢酶的辅酶有TPP、FMN、FAD、NAD和NADP。其中TPP (焦磷酸硫胺素)是α-酮酸氧化脱氢酶系的辅酶；FMN (黄素单核苷酸)和FAD (黄素腺嘌呤_核苷酸)是黄酶(黄素蛋白)的辅酶，作为呼吸链的组成成分，与糖、脂和氨基酸的代谢密切有关；NAD (烟酰胺腺嘌呤二核苷酸)和NADP (烟酰胺腺嘌呤=核苷酸磷酸)是脱氢酶的主要构成辅基，由VBg即维生素PP (烟酸)转化来的。
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