药物与体内生物大分子（靶点）结合依靠各种化学作用力，包括共价键、非共价键（氢键、范德华力、离子-偶极作用、偶极-偶极作用、电荷转移复合物、疏水性相互作用）。其中，共价键健能大，结合牢固，是不可逆结合，药物的作用力强，药效强，但毒性也大，最常见的具有共价键结合性质的药物就是烷化剂（如环磷酰胺）。非共价键键能弱，结合可逆，当药物发挥完药效后就可以从靶点上解离下来，所以绝大多数药物与靶点的结合都是非共价键结合。
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