A、肺炎双球菌的转化实验不属于基因工程,A错误;
B、两个实验都证明DNA是遗传物质,B错误;
C、噬菌体侵染细菌的实验搅拌离心操作前的保温时间不宜过长,否则会导致细菌裂解,子代噬菌体释放,C正确;
D、两个实验的关键都是把DNA和蛋白质分开单独去研究它们所起的作用,前者是通过物质分离提纯技术把他们分开,后者是利用噬菌体侵染细菌时只有DNA进入细菌的原理,D错误.
故选:C.
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