菌胶团是污水处理中细菌的主要存在形式，菌胶团具有指示作用。由于不同种类的原生动物对环境条件的要求不同，对环境变化的敏感程度不同，所以可以由原生动物种群的生长情况来判断生物处理运作情况及污水净化效果。后生动物是指原生动物以外的多细胞动物。在水处理中常见的有多细胞的无脊椎动物，包括轮虫、甲壳类动物和昆虫及其幼虫等。轮虫的出现是水处理效果好的标志。在污水处理中，藻类不具有指示作用。
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