A、三倍体西瓜的培育原理是染色体变异,三倍体西瓜不可育,与二倍体不是同一个物种,A错误;
B、基因重组和染色体变异均使DNA分子中基因发生改变,整个DNA中碱基序列可能发生改变,B正确;
C、杂合子Aa只有一对等位基因,基因重组至少要有两对等位基因,基因重组并未产生新基因,C错误;
D、花药离体培养过程中细胞增殖方式是有丝分裂,没有基因重组,D错误.
故选:B.
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