解:∵全集U={1,2,3,4,5,6},B={2,3,4}, ∴∁UB={1,5,6},又∵A={1,2},∴A∩(∁UB)={1},故选:D.根据已知中全集U={1,2,3,4,5,6},A={1,2},B={2,3,4},结合集合交集,补集的定义,可得答案.
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